从应用方面，简单的可以分为两大类，就是工业用内窥镜和医用内窥镜。
关于工业内窥镜的种类，从成像形式分为：光学内窥镜、光纤内窥镜、电子内窥镜、CCD视频内窥镜、CMOS视频内窥镜、电动360°内窥镜 。从内窥镜光源种类分为高频荧光灯内窥镜、光纤卤素灯内窥镜、LED内窥镜。
关于医用内窥镜分类，按其发展及成像构造分类：可大体分为3大类：硬管式内镜、光学纤维(软管式)内镜和电子内镜。
医疗检查用内窥镜有许多不同的种类，其分类方法各有不同，一般来讲比较通用的有下列三种分类法。在市场销售方面，目前使用最多的类别以临床上能否改变方向分为硬质镜和弹性软镜两种。
